Родился 6 января 1951 года в Средней Азии в г. Таш-Кумыр Киргизской ССР, куда чеченский народ был депортирован сталинским режимом на «перевоспитание». Тяжелые условия жизни, голод, болезни в буквальном смысле косили чеченцев в первые годы высылки. Шахрудину не было и двух лет, когда умер отец. Мать была вынуждена пойти на работу в угольную шахту, чтобы прокормить осиротевших детей.
В 1958 году Шахрудин пошел в школу в Таш-Кумыре, однако учеба не ладилась: мальчик плохо знал русский язык и не понимал, о чем говорит учительница. К счастью, в ноябре того же года семья вернулась на родину. Шахрудин продолжал учебу в с. Булгат-Ирзу Ножай-Юртовского района Чечено-Ингушской АССР. Это самый глубинный, горный район республики. Здесь в начальных классах преподавали на родном, чеченском языке, и Шахрудин закончил первый класс лучшим учеником. С пятого класса он пристрастился к чтению художественной литературы. В селе библиотеки не было, и за книгами приходилось ходить в соседние села, за 8-10 километров.
В феврале 1966 года после продолжительной болезни (туберкулез как результат работы в шахте в Таш-Кумыре) умерла мать Шахрудина.
В с. Булгат-Ирзу была только восьмилетняя школа. Шахрудин продолжал учебу в Бенойской средней школе. В 1968 году он окончил ее с золотой медалью. Особых колебаний насчет того, куда идти учиться, у Шахрудина не было: только на исторический факультет Чечено-Ингушского государственного педагогического института. Любовь к истории мальчику привил учитель истории Бенойской средней школы (он же и директор) Леид Межидов, эрудит, человек энциклопедических знаний, глубокой порядочности, один из образованнейших людей района. У Леида была огромная ( в несколько тысяч книг) библиотека. За два года Шахрудин перечитал большинство из них.
В 1968 году Шахрудин поступил (при конкурсе 6 человек на место) на исторический факультет ЧГПИ и с первого курса был в числе лучших студентов. В 1972 году он с отличием окончил институт.
В начале 1972 года Чечено-Ингушский госпединститут был преобразован в университет. Шефство над молодым вузом взял Ростовский государственный университет и выделил два места в очной аспирантуре. На одно из этих целевых мест, по специальности « Всеобщая история», был направлен Шахрудин Гапуров.
Его стремление написать кандидатскую диссертацию по новейшей истории Индии одобрили, однако ни в самом Ростовском университете, ни вообще на Северном Кавказе тогда не было ни одного специалиста-индоведа. Пришлось за консультацией ехать в Москву, в Институт стран Азии и Африки при МГУ, ехать без каких-либо рекомендаций в незнакомый вуз, к незнакомым людям. Однако Гапурову повезло: оказалось, что заведующим кафедрой Истории стран Южной Азии ИСАА при МГУ был Владимир Иванович Павлов, уроженец станицы Каргалинской Шелковского района ЧИАСССР. Одним словом, земляк. Он отнесся к Шахрудину доброжелательно, действительно, как к земляку, и оказывал ему помощь на протяжении всего периода работы над кандидатской диссертацией. Научным руководителем Гапурова был назначен Григорий Григорьевич Котовский, сын знаменитого героя Гражданской войны, работавший одновременно заведующим отделом Индии и Пакистана в Институте востоковедения АН СССР. Правда, тут возникло одно серьезное затруднение: большинство источников по истории Индии были на английском языке, а Гапуров изучал в вузе немецкий ( в школе Ножай-Юрта, в глубинке, естественно, вообще не было преподавания иностранных языков). Пришлось срочно сесть за самостоятельное изучение английского языка.
В конце 1976 года Гапуров окончил аспирантуру с представлением к защите диссертации на тему: «Идейно-политическая борьба по аграрному вопросу в Индии в 1959-1969 годах», которую и защитил в мае 1978 года в ИСАА при МГУ, став первым индоведом на Северном Кавказе.
Кавказец, чеченец, изучающий историю Индии,- это все-таки было в диковинку. Традиционными центрами индоведения были Москва, Ленинград и Ташкент. Видимо, именно поэтому, в силу «экзотичности» ситуации, в 1984 году к Гапурову из Москвы, из редакции журнала «Совьет Лэнд», распространяемого в Индии, приехали два корреспондента, чтобы написать о нем иллюстрированную статью. Через три месяца из Дели, из советского посольства, он получил этот журнал с богато иллюстрированной статьей о нем. Заголовок был в чисто индийском духе: «Индийская любовь чеченского горца».
С февраля 1977 года Гапуров стал преподавать историю стран Азии и Африки на кафедре всеобщей истории Чечено-Ингушского государственного университета. Буквально влюбленный в богатую историю далекого загадочного Востока, Гапуров рассказывал о ней так красочно и самозабвенно, что вскоре был признан, по опросам студентов, самым лучшим преподавателем на историческом факультете.
В 1987 году Шахрудин Гапуров (тогда еще доцент) был избран заведующим кафедрой всеобщей истории, хотя в конкурсе участвовали еще и два профессора. С этого же года он стал и самым молодым членом ученого совета университета.
С середины 1980-х годов Гапуров стал изучать историю народов Северного Кавказа, в первую очередь, историю Чечни. В 1989 году выходит его первая монография в области кавказоведения: «Антифеодальные, антиколониальные движения в странах Востока и на Северном Кавказе в XIX веке (сравнительный анализ)». Однако с началом чеченского кризиса возможности заниматься наукой практически не было: приходилось думать о хлебе насущном, так как с конца 1991 года, с приходом к власти в республике Д.Дудаева, вузовским и научным работникам, врачам и учителям перестали платить заработную плату. Нечего было и говорить о том, чтобы поехать в научную командировку для работы в архивах и библиотеках, без чего невозможна научно-исследовательская работа историка. Но даже в «смутные» 1990-е годы у Гапурова ежегодно выходило по нескольку статей, он активно участвовал в региональных и всероссийских научных конференциях. В 1999 году в Москве вышел вузовский учебник «История России с древнейших времен», соавтором, которого (вместе с известным московским ученым) был и Гапуров.
В августе 1999 года, незадолго до начала второй чеченской войны, Гапуров уехал в Москву на стажировку. Из-за военных действий в Чечне она вынужденно продлилась до мая 2000 года. Все это время, борясь с тревогой и тоской по малой родине, Шахрудин усиленно, по 8-10 часов в день, работал в библиотеках и архивах Москвы, собирая материал по Кавказской войне XIX в. и роли в ней чеченцев. Удивительным было то, что обнаруживались огромные прямые параллели между фактами этой войны и событиями в Чечне в конце 1990-х годов.
Используя собранный в это время материал, Гапуров в 2002-2009 гг. выпустил семь монографий: «Чечня и Россия в первой четверти XIX в.», «Политика России на Северном Кавказе в начале XIX в.», « Северный Кавказ в период «проконсульства» А.П. Ермолова», « Чечня и Ермолов» и др.
На сегодняшний день Гапуров-автор более двухсот научных публикаций. Он активно работает с аспирантами. В июле 2006 года Ш.А. Гапуров был избран академиком Академии наук Чеченской Республики и ее Президентом. Начался новый этап его научной жизни.
Академия наук Чеченской Республики
основана в 1992 году